微生物有机肥料是在普通有机肥基础上发展而来，其内部具有特定功能的微生物通过自身的生命活动促进土壤中物质的转化、提高作物营养水平、促进和协助营养吸收、刺激调控作物的生长，防治有害微生物等等。

发酵工序对物料性状有一定要求，以鸡粪为例，由于鸡粪水分含量较高，需经鸡粪脱水机处理后才能作为发酵原料。如果收集的鸡粪是采用刮粪方式清理出来的，其含水量会稍低，无需使用固液分离机进行脱水处理，这个根据实际情况而定。

微生物有机肥设备同其它的肥料设备一样，只是工艺上有所差异。在以鸡粪为原料生产时，发酵过程中接菌量的多少，添加碳、氮源等物质的多少，翻堆机操作的频率，对微生物有机肥发酵过程的稳定、ph值、菌数、时间长短、氨的吸收及再生营养物质的质量等，都有较明显的影响。

发酵初期主要是碳水化合物的分解，中后期是纤维素和木制素的分解，矿化和腐殖化过程同时进行，并释放植物生长发育需要的氮、磷、钾、其它微量元素及有机物质等。